臺灣高等法院檢察署查緝黑金中心偵辦國務機要費案，檢察官作成臺灣臺北地方法院檢察署檢察官９５年度偵字第２３７０８號起訴書，將總統夫人等人以共犯貪污治罪條例第５條第１項第２款公務員利用職務上機會詐取財物罪、刑法第２１６條、第２１０條、第２１４條偽造文書等罪嫌提起公訴。臺灣台北地方法院受理本案，並函請陳總統說明，陳總統認為台北地院已違反憲法第５２條總統「刑事豁免權」之規定，且侵害其「國家機密特權」，聲請解釋。

大法官釋字第６２７號解釋認為，憲法第５２條規定「總統除犯內亂或外患罪，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究」，乃是憲法基於總統為國家元首，對內肩負統率全國陸海空軍等重要職責，對外代表中華民國的特殊身分所為之尊崇與保障，業經釋字第３８８號解釋在案。而現代民主法治國家，有關總統刑事豁免權之規定不盡相同。總統刑事豁免權之有無、內容與範圍，與中央政府體制並無直接關聯，不一定屬憲法法理，而是各國決定的憲法政策。

大法官指出，因他人刑事案件，而對總統所為證據調查、證據保全，以及要求總統作證，並不屬於「刑事豁免權」範圍。但基於憲法第５２條意旨，證據調查、保全不得限制總統人身自由，也不能妨礙總統正常行使職權。如有搜索之必要，應由立法機關增訂適用於總統的特別規定，於新法公布施行前，除經總統同意外，均應經高等法院五名法官組成的特別合議庭審查，且應避免搜索總統執行職務及居住之處所。至於刑事偵審機關以總統為證人時，也應準用民事訴訟法第３０４條「元首為證人者，應就其所在詢問之」規定，以示對總統之尊崇。

針對「總統之國家機密特權」，大法官表示，總統依憲法及憲法增修條文所賦予之行政權範圍內，就有關國家安全、國防及外交之資訊，認為屬國家機密者，有決定不予公開之權力，其他國家機關應予以適當之尊重。而總統依其國家機密特權，於刑事訴訟程序享有拒絕證言權，並可拒絕提交相關證物。立法機關應就總統拒絕證言、拒絕提交證物的要件及程序，增訂適用於總統的特別規定。於新法公布施行前，由總統釋明。總統未能合理釋明時，檢察官或受訴法院應審酌具體個案情形，依刑事訴訟法第１３４條第２項、第１７９條第２項及第１８３條第２項規定為處分或裁定。