台北地院上午首度开庭审理国务机要费案，上午9时20分，被告马永成、林德训、陈镇慧陆续到庭，吴淑珍则是9时30分到庭，审判长逐一询问四位被告的出生年月日、户籍地址，并逐一介绍被告律师与检察官。以下是庭讯内容。
审判长：身体状况好吗？
吴淑珍：还可以
审判长问：吴淑珍身体状况是否还好？
吴淑珍答：还可以。
审判长：请吴淑珍如有任何身体不适，可以随时提出来。
审判长：请每位被告的辩护律师仅一位代表进行主陈述，希望检察官与律师能以理性论辩处理，不要人身攻击、谩骂或有不好的言词。
马永成辩护律师李：希望使用自己的PowerPoint(简报档)在法庭中进行陈述，因为系统不相容，需要一些时间。
审判长：系统切换时间需要一小时、30分钟，还是10分钟？
律师：只需要10分钟。
审判长：同意马永成律师可以在陈述前有10分钟进行系统切换。
台北地检署公诉组主任检察官张熙怀开始陈述起诉概要，吴淑珍辩护律师提程序问题，审判长未受理。
张熙怀：对吴淑珍如期到庭，感到欣慰。
检察官：被告犯罪四事实
珍诈领1480万元
张熙怀：现在列举被告犯罪四事实，犯罪事实一，吴淑珍是陈水扁的夫人，知道有关机要费规定相关员工申请款项应本诚信原则，对真实性必须负责，非机密费必须检具原始凭证，同时有实际支出，被告利用请领国务机要费机会，在7月开始陆续由第一家庭成员陈致中、陈幸妤、赵建铭、陈致中随扈提供消费发票。
还有不知情的朋友与人士提供发票，除了亲友外，金生仪公司负责人将顾客的发票未带走部分也提供给被告。
吴淑珍每隔一阵子用小信封将发票装在小信封交给总务林哲民，林哲民再交给第三局出纳科陈镇慧，陈镇慧不知这些为他人提供的发票，两位前后任任马永成、林德训都对请款批可，向会计人员申领机要费。
会计处专员邱琼贤、科长蓝梅玲、代盖“会计长冯瑞麟”章的专门委员许隆演均陷于错误，认定这是陈水扁本人依法规定行使职权所实际支出花费，都准由第三局出纳科发给同额现金。陈镇慧领得现金后，装在信封内交给林哲民，再交给吴淑珍。
至3月为止，吴淑珍诈领1480万元8408元，共同利用职务上机会诈取财物，利用不知情的陈镇慧行使变造的私文书，使会计处人员登载不实支出，损害会计与审计的正确性，陈水扁也涉有贪污、伪造文书，但受第52条保障，如未来经罢免或解职，再进行诉究。
检察官：马永成与林德训
假职务不实支领
犯罪事实二，吴淑珍知悉陈水扁为执行秘密，有必要由机要费支出，但非机密费必须用单据才能申请，连续提供王春娟、种村碧君购买SOGO、101、微风广场礼券发票31张，金额共1195万44元。
这些发票分次提供明知为他人发票的马、林两人，马、林两人再共同假借职务上权力与机会，交予不知情的陈镇慧，以经办人身分在发票空白的买受人栏上盖府条戳，登载不实的馈赠、招待支出，马、两人再以经办单位主管、机关首长代签人身分，在凭证用纸上批可，转向会计人员请领机要费，使会计人员登载不实的支出事项，损害会计与审计正确性。
马永成提出12张发票领得480万元，依陈水扁指示混同当时机要费结余的机密费部分，交给秘书郭临伍，再转交诚泰基金会执行长李天送支付某公关公司。
检察官：林德训追加伪证罪
陈镇慧坦承假供词
犯罪事实实三，林德训11月3日黑金中心改以证人身分接受检方侦讯，供前具结，对于“前府机要室主任曾天赐有无因为执行某秘密，而多次申领机要费”，以及“内装三张秘密工作人员甲君领据之信封，系由曾天赐何时交付其”，林德训伪称，马永成有交待曾天赐可以申领机要费，内装有发票的小信封，调离时即以交给他，意图让检察官认定“甲君”确有领到机要费。
检方当庭追加林德训刑法165条行使伪证罪。
犯罪事实四，陈镇慧在黑金中心被问到她任职府第三局出纳时，曾天赐有无申领机要费时或密秘外交预算，陈向检方伪称曾天赐多次申领机要费九百多万元，并且向检方做出不实的指证领用的发票，检方表明证人已坦承他们的供词都是假的，陈镇慧才坦承自己的供词也是假的。
审判长：吴淑珍认不认罪
吴虚弱答：不认罪
检方一一的说明出吴淑珍四人涉及贪污、伪造文书、伪证等罪嫌，除了吴淑珍被要求减轻其刑外，其余的三人，因为有公务员身分，检方依法要求加重其刑。
审判长(讯问吴淑珍):认不认罪
吴淑珍(以虚弱沙哑的声音说):不认罪。
审判长(接着问马永成):认不认罪
马永成:不认罪。
审判长(问林德训简):认不认罪
林德训:不认罪，案子很复杂，她不接受起诉的事实。
在场的被告共有七名律师(在审判长要开始讯问吴淑珍时):对程序有意见。
审判长制止发言，律师要求审判长记名裁决笔录，希望程序问题优先处理，否则“程序后实体”会影响审判结果。
律师:到目前为止有多达44.7%的证卷都没调阅到，起诉事实都没看到，不知如何做出有罪无罪的辩护。
马永成：我以为是合法的
没权力怀疑陈水扁
马永成：第四点，我在担任主任职务期间，共有12张发票核销，虽然我有批可发请，但我要强调我并非最后审核的决定者，仍须由会计单位审核项目是否符合，若会计单位认为不妥，仍有权退回，但12张发票，分六次来申请，从未退回，所以我也以为是合法的。
第五，12张发票共480万元的经费，确实是花在若干机密上，没有其他用途或流向。基于以上五点，我对检察官所载事实没有意见，但我不知这样是伪造文书，也没有伪造文书的故意，作为陈水扁的部属，我没有权力去怀疑是否有权执行职务的工作。
林德训:由辩护人代表发言
陈镇慧：由辩护人代表发言
吴淑珍辩护律师杨芳婉：程序问题必须优先处理，为何强调程序问题希望向庭上说明。本案程序问题有三：一、起诉程序违背规定；二、裁定诉讼案件，在本案是否涉及非经解职、卸任，应不受诉究的问题，从侦查、调查开始，就有违法的疑虑，刑事诉讼法不应违法，刑事的程序若违法，将有程序不当或违法，影响证据取得。另外，法务部函示，领导人在职期间不得侦查。
顾立雄：犯罪事实涉陈水扁
应暂时停止审判
吴淑珍辩护律师顾立雄：补充三点一、纵使当事人希望进入实体审查，接受审判；纵使愿意接受司法检验，但仍有面临程序不知如何解决的问题，不知如何回避52条的程序障碍。二、公诉人已将陈水扁列为共犯，并明载于起诉书上，所以在进入审判时，犯罪事实审理的效力及于哪里将无法解答，一旦卸任后，公诉人再提起诉，对于犯罪事实有无违背一事不再理，辩护人也不知如何解决。三、政府统治行为原则上不受司法审查，但也同意，基于统治行为延伸的犯罪行为，司法应能审查，所以在没有涉及时，公务员若涉及不法，仍可接受侦查审理。
辩方廖律师(继续就程序问题发言)：就这个案件不是看个案，而是看案件衍生的类型，以后可能牵涉到安全等议题。
而程序在刑事诉讼法上规定的很清楚，包括侦查、起诉、审判到执行，所以52条可说是对职务的尊荣与保障。
对本案的起诉，检察官已将陈水扁列为共同正犯，纵使起诉书未将他列为被告，但实际上已是实质上被告，甚至传唤证人的传票，也是写“为陈水扁贪污案作证”。
审判长：各位大律师放心，我们看了很多资料不会比各位少，休息10分钟，11时10分再开始。
审判长：吴女士状况如何
可否临时未到庭
审判长开庭后，吴淑珍仍未出现：吴淑珍女士状况如何
顾立雄律师：请医师说明（医师出示证件，审判长问完姓名及地址与身分证相符)。
审判长：吴女士状况如何
陈世英医师：因为刚刚夫人一直有打呵欠的情况，休息时间替她量了血压，第一次发现收缩压72，舒张压50，远低于正常下限。因为她下半身没办法施力...。
审判长：血液循环不好？
陈世英：坐得越久，(血液)会留滞下半身，血压会下降，心跳快不起来，就会打呵欠，这是一种代偿，维持脑部的清醒。所以希望她躺平，给一点输液治疗。
审判长：她不适合到法庭来吗
陈世英：需要一段时间平躺，等血液回到心脏，如果持续低血压，就要给予生理食盐水。
审判长：现在送台大医院治疗？
陈世英：是。
审判长：要多久
陈世英：血压一到两小时会回升。
审判长：平躺或是坐躺会好一点？
陈世英：也许会慢一点才出现(这些现象)，主要是因为坐着不动，在官邸时，有人替夫人下半身按摩，会延缓发生。
审判长：大律师，吴女士临时未到庭，有没有意见
顾立雄律师：没有。
审判长：检方意见？
张熙怀检察官：请依职权处理。
审判长：待会进行下面程序，如果吴女士身体状况可以，请她过来。麻烦下一次要开庭，可以带简易病床，要坐躺、吊点滴都可以，空间上也可以配合。
陈律师：就程序再补充一点，这是众所瞩目的案子...。
审判长：打断一下，如果是第52条，不要再重复。
陈律师：机密保护法
部分证卷不能印
陈律师：是否要公开这个案子，钧院有些卷证不能影印，刚刚也有讲，一半文件不能阅览，在庭上批示的审理单上，“密”及“机密”都密封不准阅。这个案子因为审理会涉及机密，在机密保护法第25条，法院或检察机关审理案件，涉及机密时，程序不公开之。
审判长：我们会考虑，请大律师放心。
陈律师：我们有准备投影片及状纸...。
审判长：大律师，法条部分我比你还多，不用了(状纸传给检方看)。
审判长：大律师，三份内容都是一样？
廖律师：有关被告马永成与林德训，这个起诉程序有违宪之虞。刚刚吴女士的辩护人已作相当程度的说明。被告伪造文书提起公诉的程序，违反第16条被告的诉讼权。
这个起诉会再次审理，检察官把现任领导人当侦查的实体，甚至到府搜查及扣押文件，认为马永成与林德训以他人消费的发票核销机要费，违反伪造文书罪嫌，但这是否违法，可从两方面来看。
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